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icebolt , 프로그래밍으로 생명과학을 만나다.

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NCBI BLAST+ :초파리 단백질서열 참고블로그는 다음과 같다.http://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=news&id=257053&BackLink=L215Ym9hcmQvbGlzdC5waHA/Qm9hcmQ9bmV3cyZQQVJBMz0xMA==이 블로그는 위 블로그 내용에 따라 직접 실습한 내용을 적어놓은 학습노트입니다.고주온박사님께 감사드립니다. 자신의 컴퓨터에 설치된 BLAST+를 이용하여 한 번에 분석 결과를 만드는 예를 보자. 초파리 단백질 데이터와 blastp를 이용하여 예제를 진행한다.우선 질의 서열을 몇 개 준비한다. 사용 중인 ~/BLAST/ 디렉터리 밑에 query라는 디렉터리를 만들고, NCBI 웹사이트에서 관심 있는 단백질 서열들을 내려 받아 ~/BLAST/query 디렉터리에 풀어 놓는..
BLAST 데이터베이스_drosoph.aa 파일 참고블로그는 다음과 같다.http://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=news&id=256333&BackLink=L215Ym9hcmQvbGlzdC5waHA/Qm9hcmQ9bmV3cyZQQVJBMz0xMA== 이 블로그는 위 블로그 내용에 따라 직접 실습한 내용을 적어놓은 학습노트입니다. 고주온박사님께 감사드립니다. > 표시 바로 다음의 gi는 NCBI에서 매기는 서열 식별자 숫자이며, | 표시 다음의 숫자가 gi number이다. 계속 | 표시로 구분되면서 나오는 gb는 GenBank 식별자를 의미하며, gb 식별자에 . 표시 다음의 숫자는 gb식별자의 판 번호 (버전; version)를 의미한다. BLAST+ 데이터베이스 생성 명령문 makeblastdb -in dro..
NCBI BLAST+ 데이터베이스만들기 참고블로그는 다음과 같다. http://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=news&id=256043&BackLink=L215Ym9hcmQvbGlzdC5waHA/Qm9hcmQ9bmV3cyZQQVJBMz0xMA== 이 블로그는 위 블로그 내용에 따라 직접 실습한 내용을 적어놓은 학습노트입니다. 고주온박사님께 감사드립니다. 설치1) 윈도우 설치용 파일 (32비트-윈도우: ncbi-blast-2.2.30+-win32.exe 또는 64비트-윈도우: ncbi-blast-2.2.30+-win64.exe) ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 위 링크를 클릭하면 다음처럼 나온다. 혹 32비트 사용자라면 해당 파일명이 없어서 당..
Cygwin_패키지설치 Cygwin 설치 Cygwin 웹사이트 (http://www.cygwin.com)에 가서 설치용 실행 file (setup-x86.exe (32-bit용) ※ http://bioprofiler.tistory.com/4 [Neutral approach to Nature] ※ Cygwin설치는 다음 블로그를 참고합니다. http://webnautes.tistory.com/778 생물정보학과 관련된 패키지 설치는 다음을 참고하면 된다.http://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=news&id=253673&BackLink=L215Ym9hcmQvbGlzdC5waHA/Qm9hcmQ9bmV3cyZQQVJBMz0xMA== apt-cyg 를 사용하여 패키지 설치하기 bash터미널 창에서..
Data Analysis/데이터로 그래프그리기 https://dojang.io/mod/page/view.php?id=1159
Data Analysis/웹페이지 데이터가져오기 https://dojang.io/mod/page/view.php?id=1158 https://www.instapaper.com/read/1001284749 웹페이지 자료는 다음 주소를 사용하며 이 주소의 인트로화면에서 개발자창을 열고 왼쪽 상단의 커서버튼(Ctrl+Shift+C)을 누른다.https://pythondojang.bitbucket.io/weather/observation/currentweather.html 주피터 노트북>> 다음 코드 입력 >> RUN 다음처럼 출력된다. 다음코드입력>> RUN 다음과 같은 파일이 내 Projects 폴더에 생성되었다. weather파일을 열어보면 엑셀파일로 된 자료가 나온다. ^^
Data Analysis/필수라이브러리설치 https://tykimos.github.io/2017/08/07/Keras_Install_on_Windows/ https://dojang.io/mod/page/view.php?id=1156 코딩도장 프로젝트디렉토리 / 가상개발환경만들기 반드시 cmd를 관리자 명령권한으로 한다.( cmd위를 우클릭하고 관리자 명령권한을 클릭해주면 된다.)다음에서 python=3.5로 해주는것이 무난하다.(파이썬 3.6.X버전일 경우에도 마찬가지다.)conda create -n venv python=3.5 anaconda 아나콘다파일 아래에 venv라는 가상개발환경파일이 생성된다. (venv)가 생성되었으면 성공적으로 가상환경이 만들어 진것이다.참고로 가상환경목록을 저 명령어로 확인이 가능하다. 프로젝트 디렉토리에서 가상..
Histogram in OpenCV https://www.instapaper.com/read/1000865153 2가지 이미지를 Grayscale로 읽어 빛의 세기 분포를 보여주는 예제 import cv2import numpy as np import random from matplotlib import pyplot as plt img1 = cv2.imread('images/flower1.jpg',0) img2 = cv2.imread('images/flower2.jpg',0) hist1 = cv2.calcHist([img1],[0],None,[256],[0,256]) hist2 = cv2.calcHist([img2],[0],None,[256],[0,256]) plt.subplot(221),plt.imshow(img1,'gray'),plt.t..
OpenCV -c++ https://www.instapaper.com/read/1000799358 opencv를 visual studio에 추가로 해줘야되므로 첫번째로 opencv를 설치합니다. https://www.instapaper.com/read/1000801200 opencv기본함수정리 https://www.instapaper.com/read/1000801651opencv영상띄우기와 히스토그램평활화 https://www.instapaper.com/read/1000803163OpenCV : calcHist함수를 이용한 histogram 구하기 - 컬러이미지에 대해
OpenCV-Python OpenCV-Python 1.설치]http://blog.naver.com/samsjang/220498694383 아나콘다나 파이썬이 설치돼 있으면 cmd창에서 IDLE를 입력해 파이썬 실행창을 열고 import cv2를 입력해본다. 에러 메세지가 뜨지않고 커서가 깜박이고 있으면 문제가 없이 설치돼 있는것입니다. 처음엔 커서만 깜박여서 당황했지만 구글링해보니 그게 맞는거라고 합니다.^^ 아나콘다설치는 여기를 참고https://www.instapaper.com/read/1000796021제어판 > 시스템 및 보안 > 시스템 > 고급 시스템 설정 > 환경 변수에서 [시스템변수] 중 Path 에 아래 경로들을 추가 해주자. 실제로는 설치 과정중에 PATH경로 설치하기를 체크했기에 시스템변수에 아래처럼 자동으로 ..
회귀분석 회귀 분석(Regression Analysis)은 분류가 아니라 데이터들 사이의 상관관계라던가, 추이를 예측한다던가, 대상 값 자체를 예측하는 지도학습 알고리즘입니다. https://www.instapaper.com/read/1000346809 2차 다항식 회귀 (polynomial regression of order 2) 2차 다항식은 1차 다항식과 똑같은데, regression model 만 2차로 확장한다. 그 후 오차의 제곱의 합을 ai 로 편미분하여 0 이 되게 놓고 선형방정식을 풀면 된다. https://www.instapaper.com/read/1000341936
파이썬시작하기 https://www.python.org/ 1.설치 아나콘다3을 설치하면 파이썬이 내장돼 있어 추가 설치가 필요없다. 아나콘다를 설치하기를 권장한다. 라이브러리들이 내장되어 있기에 특히 좋다.코딩도장 https://dojang.io/mod/page/view.php?id=1156 파이슨 최신버전 설치는 다음을 참고하면 된다.https://www.instapaper.com/read/1000350017 설치후 윈도우 명령 프롬프트나 Windows 검색창에서 IDLE을 입력하고 엔터키를 누르면 다음과 같은 IDLE 화면이 나타납니다. 제 경우는 아나콘다3을 설치했고 이 안에 파이선3.6.1이 내장돼 있기에 위와 같은 설치과정은 생략 가능했습니다. 2. 문법 C프로그래밍은 일반적으로 위와 같이 main 함수가 프..
바이오스핀톡 https://www.facebook.com/biospintalk/ 모두와 함께 하는 바이오인포메틱스 모임 "딥러닝 기반 약의 구조와 환자의 유전체 정보로 약의 반응을 예측하는 모델" https://github.com/biospin/cloudnomad_bio/
사이토스케이프설치 설치 http://www.cytoscape.org/ 네트워크 분석도구. 설치를 하려면 자바를 먼저 설치해야 한다. 1.자바설치 https://java.com/ko/ 자바8이상을 설치해야 한다고 되어있다. 자바를 설치하고 나서 경로설정이 필요한 경우가 생기면 여기를 참고한다. http://javawin.tistory.com/1 https://www.instapaper.com/read/1000891645 피씨환경에 따라 다르나 윈도우에서는 이 방법을 따르면 무난하다. 2. cytoscape 다운로드필자는 컴이 연세가 있으셔서 (32비트) 지원이 안 될까봐 조마조마 했는데 다행이 다운로드가 가능하도록 돼있어 다행이었습니다.설치와 설명에 관련된 블로그는 다음을 참고한다. http://igija.tistory.c..

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